A szándéknyilakozat ünnepélyes aláírásával az alapító vállalatok képviselői - köztük a Magyar Telekom elnök-vezérigazgatója - június 9-én létrehozták az EMUNI Alapítványt, amely a tervek szerint jelentős mértékben járul majd hozzá az egyetem működéséhez.

A Magyar Telekom az aláírással vállalta, hogy az EMUNI Alapítvány társalapítójaként az egyetem támogatója lesz az alapítványon keresztül. Az alapítvány célja a lehető legszélesebb körű támogatás biztosítása az egyetem és működése részére, mégpedig elsősorban a felsőoktatási és kutatás-fejlesztési intézmények kapcsolatainak erősítése, a diákok és oktatók mobilitásának elősegítése, valamint a kutatási eredmények cseréjének és alkalmazásának ösztönzése révén. Az alapítók és az EMUNI egyetem közötti együttműködés konkrét módozatait az alapítvány Statútuma fogja rögzíteni.

Az EMUNI Alapítvány létrehozását követően került sor az egyetem megalapításának hivatalos ünnepségére, amelyen az alapítványt létrehozó vállalatok és a partner egyetemek, illetve országaik képviselői mellett részt vett az Európai Bizottság, az Európai Parlament és a szlovén kormány több tagja. Az ünnepi beszédeket José Manuel Barroso, az Európai Bizottság elnöke, Janez Janša, Szlovénia miniszterelnöke, Amr Moussa, az Arab Liga főtitkára, és Hans-Gert Pöttering, az Európai Parlament elnöke tartották.

A portoroži székhelyű egyetem megalapítására mintegy kétéves előkészítő tevékenység eredményeként került sor. Szlovénia 2006-ban, az Euro-Mediterrán Partnerséghez történő konkrét hozzájárulásként döntött egy multilaterális, a kétoldalú oktatási együttműködési projekteket összefogó egyetem megalapításáról. A kezdeményezés illeszkedik az Európai Unió és a 2008-as szlovén EU-elnökség egyik kiemelt programjába, az interkulturális dialógus erősítésébe. A koncepció lényege: „A Mediterráneum mint hozzáadott érték” - ez határozza meg a tervezett oktatási programokat is, amelyek újdonságot kínálnak az EU, az Európai Gazdasági Térség és a Földközi-tengeri térség összesen 37 országának diákjai számára.

Hazánk részéről az EMUNI szakmai partnereként együttműködési szándéknyilatkozatot írt alá a budapesti Corvinus és ELTE, továbbá a Pécsi és a Szegedi Tudományegyetem is. Június 9-én került sor a résztvevő egyetemek delegáltjait tömörítő Nemzetközi Tudományos Tanács első ülésére is, amelynek során aláírták az egyetem alapító okiratát.

Az egyetem a tervek szerint a 2008-2009-es tanévben kezdi meg működését, míg önálló akkreditált képzései 2009-2010-től indulnak. 2008 nyarán kerül sor az első, három turnussal indított nyári egyetemi programra, ahol már magyar professzorok is vezetnek kurzusokat.